Jaringan 17 Pos, Garda Terdepan Pendeteksi Varian Baru SARS COV-2

Jaringan 17 laboratorium siaga mendeteksi varian baru Covid-19, termasuk jika lahir varian Indonesia. Dari 1.191 pemeriksaan genom, ditemukan 39 varian baru. Sebagian besar varian India dan Inggris.

Kementerian Kesehatan (Kemenkes) telah mengonfirmasi masuknya empat varian baru hasil mutasi virus babon SARS COV-2 ke wilayah Indonesia. Keempat strain baru itu disebut lebih menular, lebih ganas, dan lebih sulit dikendalikan. Oleh karenanya, WHO memberi label sebagai variants of concern (VOC), yang perlu diwaspadai.

Melalui akun instagramnya, pada unggahan Kamis (6/5/2021), Kemenkes menyebutkan bahwa empat VOC itu adalah varian Inggris (B-117), varian India (B-1617), varian Afrika Selatan (B-1351), dan varian B-1525. Nama negara menunjukkan tempat di mana varian itu muncul kali pertama. Ada pun untuk B-1525 belum tentukan karena ia ditemukan dalam waktu hampir bersamaan di Inggris dan Nigeria.

Varian Inggris B-117 menjadi VOC pertama yang menghebohkan Indonesia. Pada kurun Februari ke awal April 2021, Kemenkes sudah menemukan 13 kasus varian Inggris itu, yang oleh WHO, mengacu pada  sejumlah penelitian lembaga riset terkemuka, dikatakan memiliki daya tular hingga 36–75 persen lebih tinggi dari varian biasa. Pada pertengahan Desember 2020, infeksi B-117 mendominasi kasus Covid-19 sampai 70 persen di Inggris.

Dalam waktu singkat, varian baru itu menyebar ke puluhan negara, temasuk negara-negara Asean seperti Indonesia, Filipina, Malaysia, Singapura, dan Thailand.  Di Indonesia, infeksi  B-117 ini telah terdeteksi 13. Rinciannya, Jawa Barat lima kasus, Sumatra Utara dua kasus, dan masing-masing satu kasus  di Banten, Jawa Timur, Bali, Kalimantan Selatan, Kalimantan Timur, dan Sumatra Selatan. Semuanya transmisi lokal. Korban tidak punya riwayat perjalanan ke luar negeri. Dengan demikian, bisa dipastikan sudah ada sumber penularan di dalam negeri, terlepas sumber penular itu bergejala atau tidak.

Akan halnya infeksi pertama varian India B-1617 ditemukan pada seorang WNI dari Jakarta, pada 3 April 2021. Saat ini telah terkonfirmasi 2 kasus varian India di DKI Jakarta. Satu kasus B-1617 di Banten diyakini terkait dengan infeksi di DKI. Angka tersebut berpotensi bisa bertambah. “Pada rentang 10–25 April 2021, kita menemui mendapatkan 26 kasus positif, di mana 24 kasus adalah   warga negara India dan 2 orang  lainnya WNI,” kata Juru Bicara Vaksinasi Covid-19 Kemenkes dokter Siti Nadia Tirmizi, dalam konferensi pers virtual Jumat (7/5/2021).

Tentang varian Afrika Selatan (Afsel) B-1351, Kemenkes mengakui bahwa kasus infeksi pertamanya di Indonesia telah ditemukan pada 25 Januari 2021 di Bali. Namun, varian Afsel ini tidak  sempat memicu kehebohan. Pasien  pertamanya dinyatakan meninggal pada 16 Februari 2021. Hingga saat ini belum ada laporan penambahan kasus baru untuk infeksi varian Afsel B-1351 itu.

Varian keempat B-1525 juga telah terkonfimasi masuk ke tanah air, melalui seorang pekerja migran  Indonesia (PMI) yang baru pulang dari Malaysia, pertengahan April 2021. Diperkirakan varian itu menyebar dari Inggris, dan kini tak kurang dari 25 negara telah ditembusnya. Sebagian kasusnya di Eropa Barat dan Utara, dan menyebar ke Kanada, Jepang, Australia, Singapura, Malaysia, dan kini Indonesia.

Pekerja migran yang menjadi pasien pertama varian B-1525 itu kini telah dinyatakan sembuh, usai menjalani isolasi di Batam. Ia hanya bergejala ringan dan tak perlu menjalani perawatan khusus di rumah sakit. Setelah dinyatakan terbebas dari infeksi, ia diizinkan pulang ke kampung halamannya. Dengan demikian, secara keseluruhan telah ditemukan 39 kasus infeksi varian baru di Indonesia.

Surveilans

Dari waktu ke waktu virus terus bermutasi. Mutan-mutan baru muncul, sebagian mampu bertahan dan menyebar. Para ahli menyebutnya variant of interest (VOI). Sebagian lainnya tumbuh jadi lebih berbahaya, lantaran mampu beradaptasi di tubuh korban dengan lebih baik, dan bisa membangun daya penularan (transmisi) yang lebih kuat. Para ahli menyebutnya variant of concern (VOC).

Kehadiran VOC itu harus terpantau. Maka, hampir setiap negara gencar melakukan monitoring dan pemeriksaan secara meluas dan terus-menerus (surveilans), termasuk Indonesia. Salah satu bentuk kegiatan surveilance ini adalah pemetaan whone genome squencing (WGS), yakni perunutan kode asam-nukleat (material genetik virus) secara utuh.

Dari pemetaan WGS itu akan terlihat apakah virus tersebut mengandung gugus asam amino yang N-5010-Y dan P-681-H yang menjadi ciri varian Inggris, atau N-501-Y dan E-484-K yang menjadi bentuk khas varian Afsel, atau dia memiliki gugus E-484-Q dan L-452-R yang menjadi penanda varian India? Pemetaan WGS itu pun bisa menunjukkan bukti valid varian baru lainnya, bila ciri yang sama muncul berulangi-ulang dan terus menyebar secara spasial.

Kegiatan surveilans di Indonesia berkembang cepat. Bila pada Agustus 2020 para peneliti Indonesia baru mampu menghasilkan tak sampai 20 pemetaan WGS, per 14 Februari 2021 sudah menvapi 392 WGS. Data hasil pemeriksaan genom ini kemudian diunggah ke dalam repositori Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Pengolahan data GISAID, yang didukung oleh sistem kecerdasan  buatan, akan mengkonfirmasikan bila muncul varian baru.

Di Indonesia, tugas  surveilans ini dilaksanakan dan dikoordinasikan Kemenkes, melalui Balitbangkes, bekerja sama dengan Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN). Per 23 April 2021, praktek surveilans  tersebut telah menghasilkan 1.191 sequences genetik virus. Dari situ pula ditemukan adanya empat varian-varian baru (VOC) yang masuk ke Indonesia, yaitu varian Inggris, Afsel, India, dan B-1515 asal Inggris/Nigeria.

Namun, dalam sebuah webinar yang dihelat Kemenristek pertengahan Februari 2021, Presiden GISAID Peter Borger meminta Indonesia melakukan pemetaan WBG atas sedikitnya 5.000 orang yang positif Covid-19. Dengan 5.000 sampel, tuturnya, kemunculan VOC dan VOI dapat termonitor secara memadai, berikut sebaran serta varian mana yang bergerak menjadi lebih dominan.

Sampai sejauh ini, yang dominan di Indonesia adalah varian biasa yang dicirikan oleh adanya gugusan asam-amino D-614-G. Mencapai target 5.000 WGS, kata Kepala Lembaga Biologi Molekuler Eijkman Profesor Amin Soebandrio, bukan hal yang di luar jangkauan alias mustahil. “Target kita memang 5.000 WGS pada 2021 ini,” katanya dalam webinar yang sama.

Pandemi Covid-19 telah membuat segenap sumber daya nasional terkonsolidasi, bersinergi, seraya membangun kapasitas baru. Perunutan material genetik virus tak hanya dilakukan di laboratorium Biomedis Balibangkes, Lembaga Eijkman, LIPI, dan segelintir universitas. Di bawah koordinasi Kemenkes-BRIN, kini ada 17 laboratorium yang aktif bergerak melakukan pemeriksaan WGS dalam rangka surveilans.

Pemeriksaan WGS itu bertumpu pada dua perangkat canggih, yakni mesin PCR (yang biasa dipakai untuk pemeriksaan antigen Covid-19) dan genome sequencer. Dengan PCR, material genetik virus diamplifikasi sehingga membangun struktur rantai genetik secara utuh. Rantai genetik itu kemudian dirunut oleh piranti genome squencer.

Satu sampel bisa memakan waktu beberapa hari. Beberapa sampel bisa diolah  secara bersamaan dalam satu sequence. Hasilnya ialah gambaran genom lengkap dengan rincian gugus-gugus asam-amino di setiap segmennya. Kehadiran varian Inggris B-117, varian India B-1617 dan yang lainnya, akan terdeteksi. Kemunculan genom baru, yang menandai terjadinya mutasi, juga akan terekam.

Ke-17 laboratorium WGS itu kini tersebar di berbagai kota. Di wilayah barat ada pemeriksaan WGS  di laboratoriumFakultas Kedokteran (FK) Universitas Andalas Padang. Di Jakarta, surveilans genom ini digelar di beberapa tempat, yakni di Lembaga Eijkman, Laboratorium Biomedis Kemenkes, laboratorium BPPT, LIPI, Universitas Islam Negeri (UIN) Syarif Hidayatullah, Ciputat, FK Universitas Negeri Veteran (UPN), dan UI.

Di Bandung ada tiga laboratorium yang berkiprah, yakni Labkesda Jawa Barat, serta Laboratorium FK Unpad dan ITB. Di Yogyakarta, pemeriksaan dilakukan di UGM. FK UNS Solo dan FK Unair Surabaya turut ambil bagian. Universitas Tanjungpura Pontianak dan Universitas Hasanudin Makassar telah pula ikut bergabung.

Dari 17 laboratorium itulah pergerakan varian baru Covid-19 dimonitor dan diawasi. Hasil pemeriksaan di ke-17 laboratorium Indonesia itu semuanya terkoneksi dan telah diunggah di bank data GISAID. Jaringan 17 laboratorium itu menjadi pos terdepan dalam menghadapi Covid-19 dengan segala bentuk VOC-nya.

Penulis: Putut Trihusodo
Redaktur: Ratna Nuraini/Elvira Inda Sari